Foi o livro "Hyrule Historia" que será comercializado no Japão como parte integrante da comemoração de 25 anos da série Zelda, quem trouxe a verdadeira linha do tempo da série Zelda, e uma vez que este livro é um produto oficial da Nintendo, logo a linha do tempo abaixo é sem dúvidas oficial.

Agora irei explicar as divisões após Ocarina of Time, que ocorrem nas seguintes condições e levam a tais jogos:
- Quanto o Herói do Tempo perde (Link to the Past)
- Quando o Herói do Tempo vence e volta 7 anos no tempo (Majora’s Mask)
- Quando o Herói do Tempo vence e fica no presente (Wind Waker)
Update:
No mesmo livro, encontra-se também a explicação do porque ser esta a ordem cronológica. Na explicação dos "Contos Clássicos" que vai de A Link the Past até Adventure of Link, após Link morrer em Ocarina of Time, Ganon consegue a Triforce inteira. Os Sete Sábios (The Seven Sages) selam Ganon e a Triforce como última alternativa, mas vilões que ambicionavam possuir a Triforce entram em Sacred Realm, que se transforma no Dark World e é preenchido com poder maligno. Os Sete Sábios tentam, então, selar o próprio Sacred Realm, mas acabam lutando contra monstros. Esta é a Guerra do Aprisionamento (Imprisoning War) de A Link to the Past.
Aparentemente, o objetivo é que a história de pessoas disputando o Sacred Realm e os selos finais sobre ele aconteçam após a derrota de Link nessa linha alternativa. Assim, alguns elementos da Guerra do Aprisionamento já estão cumpridos em Ocarina of time, e também explica porque a Triforce está completa em A Link to the Past.
Então, revisando, temos a saga iniciando com os chamados “Contos Antigos”: Skyward Sword, The Minish Cap, Four Swords e Ocarina of Time, nesta ordem. Em Ocarina of Time, há uma divisão tripla do tempo.
Quando Link é derrotado, temos os “Contos Clássicos”: A Link to the Past, Oracle of Ages, Oracle of Seasons, Link’s Awakening, The Legend of Zelda e The Adventure of Link. Quando Link volta do futuro em Ocarina of Time e conta para Zelda o que irá acontecer, ela manda-o embora e ocorrem os “Contos Infantis”: Majora’s Mask, Twilight Princess e Four Swords Adventures. Por fim, quando não existe mais um herói no futuro de OoT, já que Link foi enviado de volta, acontecem os “Contos Adultos”: The Wind Waker, Phantom Hourglass e Spirit Tracks.
Então pelo visto, esta é mesma a ordem cronológica da serie Zelda. Resta saber agora como e onde serão encaixados os próximos jogos da série.


aff.